Mata kuliah Mikrobiologi Farmasi berisi pokok-pokok bahasan mengenai sejarah mikrobiologi dan hubungannya dengan bidang farmasi; studi hubangan filogenetik, klasifikasi dan identifikasi mikroba; karakteristik mikroba (bakteri, fungi, virus dan protozoa); pertumbuhan dan kontrol pertumbuhan mikroba, termasuk didalamnya konsep antibiosis dan antisepsis; mekanisme kerja, pengujian daya dan resistensi zat-zat antimikroba; prinsip penyakit infeksi dan mekanisme patogenisitas mikroba.